Iniziata Ia costruzione nel 1540, Ia antica chiesa di San Giovanni Rotondo venne consacrata e dedicata a S. Maria delle Grazie con grande solennità il 5 Iuglio 1676.
Possiede una graziosa lunetta, che raffigura Ia Madonna col Bambino, San Francesco e San Michele arcangelo; ai lati della porta ci sono due lapidi, infisse dal comune di San Giovanni Rotondo per ricordare due date: i cinquant'anni di sacerdozio di Padre Pio (10 agosto 1910 - 10 agosto 1960) e i suoi cinquant'anni di permanenza a San Giovanni Rotondo (1916-1966);all'interno è da notare I'altare di san Francesco, sul quale Padre Pio ha celebrato Ia santa Messa dal 1945 al 1959; a sinistra, entrando, si trova il confessionale dove Padre Pio, dal 1935 al giorno della morte, ascoltò le confessioni delle donne; sull'altare maggiore vi è l'effige miracolosa della Madonna delle Grazie, protettrice di San Giovanni Rotondo.
Per tanti anni in questa chiesetta Padre Pio celebrò, confessò, esortò, guidò; ai piedi della Madonna delle Grazie pregò, soffrì e si consumò per i peccati dei suoi fratelli d'esilio.
